آب ورودی به هر واحد نمکزدایی می بایست جهت جلوگیری ازخوردگی دستگاه ها اکسیژن زدایی شود در هر واحد نمکزدایی یک دستگاه برج تفکیک اکسیژن وجود دارد . آب ورودی از قسمت بالای برج وارد و پس از عبوراز سینی ها و حباب شکنها توسط گاز شیرین که از پایین برج وارد میشود اکسیژن آن گرفته و از بالای برج همراه گاز خروجی به طرف مشعل مازاد گاز رفته و سوخته می شود سیستم کنترل آن به طریقی است که کنترل کننده سطح آب درون برج فرمان آن روی شیرخودکار آب خروجی بوده و هر گاه سطح آب آن به بیش از حد مجاز برسد آب ورودی را می بندد و گاز تزریقی به مخزن (برج ) مزبور یکی از طریق جریان گاز ورودی و دیگری بوسیله دستگاه کامپیوتر مربوط به درجه حرارت ومقدار آب خروجی کار می کند.

آبی  که از این بر ج خارج می شود تقریباً بدون اکسیژن بوده و به طرف مخزن ذخیره آب شیرین ارسال می شود نقاط تزریقی مواد شیمیایی ضد خوردگی ،اکسیژن زدا و باکتری کش به ورودی و خروجی این برج راه دارد . ضمناً روی سیستم خروجی این برج دستگاه سنجش اکسیژن  (Oxygen Analyser) وجود دارد که این هم از رده عملیات خارج است . در تمامی واحدهای نمک زدایی بنا به احتیاج به تزریق آب شیرین به نفت نمکی مخزن ذخیره آب شستشو دهنده ( تزریقی ) (Dilution tank)  وجود دارد .